Auf diese Weise befindet sich die Ultraschallsonde näher am Organ, als wenn die Untersuchung auf herkömmliche Art über die Haut durchgeführt wird. Zudem wird die Bildgebung nicht durch Lunge oder Rippen beeinträchtigt, was eine bessere Auflösung und damit Detailgenauigkeit gewährleistet, insbesondere im Bereich der Herzklappen.
TEE ermöglicht es, etwaige Blutgerinnsel im Herzen zu erkennen oder auch auszuschließen, da nur bei dieser Methode auch Bereiche des Herzvorhofs eingesehen werden können, die bei einer Ultraschalluntersuchung „von außen“ nicht dargestellt werden. Zudem können angeborene Herzfehler präzise diagnostiziert werden.
Wie bei einer Magenspiegelung erhalten die Patienten bei der ca. 15 Minuten dauernden TEE eine Kurzsedierung und sollten danach nicht selbst Auto fahren.